Режиссёр «Кит: Во тьме глубин» Брайан Даффилд и актёр Остин Абрамс изначально сопротивлялись новой концовке, но затем приняли её

Сюжет фильма «Кит: Во тьме глубин» рассказывает о студенте Джее Гардинере (Остин Абрамс), который возвращается домой на Центральное побережье спустя год после самоубийства своего отца Митта (Джош Бролин). Митт покончил с собой в море. Джай не открыл письмо, оставленное отцом. В последнюю их встречу на китобойном судне Митта пьяный и непредсказуемый отец вызвал у Джея отвращение к образу жизни, который тот ему навязывал с детства. Джай прыгнул за борт и поплыл домой, несмотря на предупреждение отца, что его «слабые лёгкие» не доставят его до берега.

Подгоняемый желанием посмертного примирения и жалобами сестры Нэн на пустой гроб отца, Джей отправляется на поиски останков отца под водой у края каньона на пляже Монастырский. Его план рушится, когда кальмар опутывает его, и оба оказываются в пасти кашалота. Джей приходит в себя в многокамерном желудке 80-футового 60-тонного левиафана с часовым запасом кислорода. Благодаря навыкам выживания, привитым отцом, Джей выбирается, устроив взрыв, который убивает уже умирающего кита и запускает экологическое явление «китопад». Джея спасает катер.

Изначально фильм заканчивался сценой спасения, но тестовые показы убедили 20th Century добавить эпилог. В новой финальной сцене счастливая семья Гардинеров и их друг Хьюи (Джон Ортис) собираются в море. Зрители видят последствия травм Джея — шрамы на шее и отсутствие левой руки, которую он потерял, чтобы устроить взрыв. Даффилд говорит, что студия настаивала на этой сцене, хотя они с Абрамсом сомневались. Дополнительные съёмки прошли в этом году после того, как Абрамс закончил другой проект — «Обитель зла». Увидев игру Абрамса, Даффилд понял, что эпилог оправдан. Также появилась возможность закрыть линию с письмом Митта. Хотя в романе Крауса этого не было, автор знал, что должно быть в письме, и Даффилд согласился. Абрамс сыграл реакцию на прочтение письма со слезами и смехом. Содержание письма держится в секрете. Даффилд снял крупный план, раскрывающий послание, но студия решила, что лучше оставить его неоднозначным. Даффилд намекает, что слова уже есть в фильме — это короткое письмо, но достаточно значимое. Абрамс объясняет, что не раскроет содержание, чтобы зрители могли сами додумать. Бролин предпочёл не спрашивать, представив своё. В интервью Даффилд также обсудил, как непрописанная предыстория Митта повлияла на его отношение к Джею, и связь между Джеем и Миттом в третьем акте. Он отметил, что название фильма отсылает к явлению «китопад» и связано с человечностью и потерей близких. Флешбэки с Миттом использовались, чтобы дать зрителям передышку между напряжёнными сценами. Митт напоминает известных спортивных отцов, которые с рождения готовили детей к определённому пути, но Джей не создан для этого. Митт не лгал и искренне заботился о сыне, но хотел подготовить его к суровой жизни, так как сам прошёл через трудности. В сцене на лодке Митт говорит: «Я подвёл тебя», что Джей воспринимает как «ты плохой», но для Митта это значит «ты не готов».